Normalmente estão associadas a síndromes. Se apresentam como manchas acastanhadas, de bordas bem definidas, mas de formatos variados e irregulares. Podem estar presentes no nascimento ou surgir ainda durante a infância. Algumas síndromes que cursam com manchas café-au-lait são a neurofibromatose, esclerose tuberosa, a síndrome de McCune-Albright, LEOPARD e outras.